現行の公益法人は特例民法法人とし、2008年12月1日の法律完全施行日から5年以内に新制度に移行。
公益認定を受けた場合は、公益認定を受けた一般社団・財団法人へ移行となり、定款中の名称を「公益社団法人・公益財団法人」と変更したものとみなされ(名称変更の登記手続きが必要)、その名称を用いなければならない。
公益認定を受けず(あるいは受けられず)に登記のみした場合は、一般社団法人・一般財団法人へ移行。
5年以内に何もしなかった場合は、解散となる。
公益認定を受けない一般社団・財団法人へ移行した法人は、合議制機関に既存の財産及び公益性のある事業に付随する収入を当該事業で使い切るための「公益目的支出計画」を提出し、これについて監督を受ける。
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公益社団法人及び公益財団法人に対する法人税の優遇措置
一般社団法人及び一般財団法人(ともに法人税法施行令第3条に掲げる非営利型法人に限る。)に対する法人税の優遇措置
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現行の特定公益増進法人に準ずるかどうかは、7項目からなる附帯決議採択にとどまり、その後の具体化に委ねられた(その後、2008年1月23日に税制改正案が国会に提出された)。